Území je zařazené v kategorii národní památka hned dvakrát. Architektonické a kulturní hodnoty jako národní kulturní památka, přírodě blízké lesy a louky v nivě Úpy jako národní přírodní památka.  

Úpa je zde zaříznuta zejména do usazených hornin. Pozoruhodný je čtvrtohorní travertin, který vzniká usazováním rozpuštěných sloučenin z pramenících vápnitých vod.

Prudké svahy údolí jsou porostlé druhově bohatým lesem s výrazným zastoupením klenu, lípy a buku, s vtroušeným dubem, habrem a jedlí.  

Louky v nivě byly z velké části bohužel odvodněny, což vedlo ke ztrátě druhového bohatství, které zůstalo zachováno při jejich okrajích, na menších loučkách a ve starých sadech.

Na březích řeky hnízdí ledňáček říční (Alcedo atthis), je na ni vázán také skorec vodní (Cinclus cinclus) a cvrčilka říční (Locustella fluviatilis). Babiččino údolí zdobí mnoho starých solitérních stromů.

Významný je výskyt motýlů vzácných v celé Evropě - modráska bahenního (Maculinea nausithous) a očkovaného (Maculinea teleius), jejichž populace se udržela také díky nedůslednému sklízení trávy z příkopů historického zavlažovacího systému.

Oba motýli mají zajímavý životní cyklus. Jejich housenky se vyvíjejí z vajíček, která samička klade do květenství krvavce totenu. Po několikerém svlékání housenka oklame dělnici mravence, která ji odnese do mraveniště. Tam se housenka živí i larvami a kuklami mravenců.  Dospělý motýl saje téměř výhradně nektar krvavce.

Úkolem AOPK ČR je skloubení řady protichůdných potřeb. Aby proběhl životní cyklus motýlů a aby seč luk nepoškozovala mraveniště, ponecháváme části luk nepokosené. Ochuzování luk o živiny kosením s odvozem trávy je ale zároveň důležité pro udržení hodnotné krajiny, zachování rostlinných společenstev a zároveň brání šíření rumištních rostlin. Pastva ovcí, stejně jako sečení částí luk v pruzích, vrací údolí jeho někdejší pestrost.